，军事检察官隶属长官，进行侦查、提起公诉（陆军军法会议法第六十七条）。
在陆军军法会议法中，侦查体系的军事检察官与军法警察官之间的关系，却与刑事诉讼法检察官中心主义大异其趣。军事检察官由军事长官从法务官中选任（陆军军法会议法第六十八条），军事检察官与军法警察官处于相等之地位，并不具有指挥命令的关系。这是因为依据陆军军法会议法之规定，军事检察官与司法警察官同为犯罪侦查主体，只是军事检察官除了是侦查机关外，同时也是唯一的公诉机关。至于军法警察，原则上应承军事检察官或军法警察官之命，辅助其侦查，并不具有独立的侦查权（陆军军法会议法第七十七条）。
担任军事检察官的法务官，却无法直接指挥宪兵，这是因为陆军军法会议法第七十二条固然规定检察官得请求陆军军法警察官辅助其侦查，然而第七十六条却规定陆军司法警察官对于侦查事务，应服从上官的命令，而使得第七十二条之成效打折。因此可以说在军事审判事务上，军事检察官与担任军法警察（官）的宪兵之间的运作，并非相当融洽。
肆、我国宪兵制度之发展及困境
一、宪兵的任务与指挥关系
从清末引进现代意义的宪兵制度，及民国成立后国父孙中山先生于民国十二年手订宪兵服务规程来看，宪兵创建之初，本就仅系以维护军队纪律，查究军人非违情事，促进军民和谐等为主要任务。
其后因应各个时期之不同，宪兵任务亦有所调整与转变，学者整理宪兵创建迄今任务之变化如下：
