苏加诺的联共言行（其实他本质是反共的）、印尼共的革命举动（尽管在武装自己上表现的软弱），自然引起印尼右翼势力特别是陆军右翼势力的怨恨，外加美、英、澳等国的明显支持，也就有了“将领委员会”密谋发动推翻苏加诺政权政变的伏笔，印尼共首先被“开刀祭旗”成了必然的结局。高层的战略失误和缺乏应变能力等因素，让这个世界第三共产大党瞬间消亡。
四、谜团：究竟有多少人被屠杀？
“9.30 事件”随后的几个月内，据称有20万人印尼共党员惨遭杀戮，约30万人被逮捕监禁。从1965年底到1966年中不到一年的时间里，据不完全统计（这个数据始终遭质疑），约有50万至100万印尼共党员、支持者或亲属被杀害，百万人被投入监狱和集中营。其中近半数为华人及华裔。据说当时大屠杀梭罗河水被染红，漫山遍野被屠杀的腐烂尸体。军人连同暴民随意斩首并把头颅“示众”各岛各地比比皆是。大屠杀随后又延续几年，整个印尼共几乎被斩尽杀绝至今人们几乎再也看不到印尼共组织的身影。在几个月内，印尼共和进步团体受到严重摧残，远大于1927年中共还处于少数时遭遇的“4.12事变”大屠杀损失。
为什么华人被杀很多？主要缘故是早年抗战时期，有大量华人华侨参加抵抗游击队，战后成了印尼共的主要组织成分和民众基础。苏加诺政权后，印尼共崛起，其党员以华人居多。而挑拨华人与土著间的矛盾，是自荷兰殖民时期至日治时期，印尼当局的一贯统治策略（即便是苏加诺，其本质也是反共的，这从他当年一些谈话中可以看出）。
