这一突发事件，当即给右翼军人集团公开提供了反共口实，决定出兵干预。10月1日，时任战略后备司令部司令陆军少将苏哈托出马，拒绝了苏加诺“政治解决危机”要求，并迫使苏加诺任命他为负责恢复治安和公共秩序的部长和陆军司令，随即召开了参谋部会议,称翁东等人“用暴力手段夺取国家政权。这场政变肯定都是印尼共产党策划的”。会议决定由他统一指挥行动调动大量兵力控制了首都雅加达并实行戒严，随后指挥陆军进行了全面反击夺回哈林空军基地，翁东等人被捕，他与参与“9.30运动”的大多军官遭到枪杀。
“9.30 事件”后，苏哈托以负责恢复全国治安和社会秩序名义，先是软禁了苏加诺掌控全部大权。随即公开指责印尼共是“9.30事件”的主谋。10月2日，印尼共中央机关报《人民日报》及《忠诚报》被禁止发行；10月3日，印尼国家通讯社《安塔拉》被封并军管；10月8日至10日，印尼共、人民青年团、全印尼中央职工会和印尼妇女运动协会等总部办公处相继被捣毁；10月18日，雅加达军区司令部宣布取缔上述组织和其他一些进步团体，开始了印尼史上最野蛮最残酷的对印尼共全面清剿和大肆排华的大屠杀行动。
三、印尼共何以短期内被几乎灭绝？
印度尼西亚共产党是亚洲成立最早的马克思主义政党（1920年多党组建成立，曾叫“东印度共产主义联盟”），资历比中共还长，曾是抗击荷兰殖民者和“二战”时期，是从抵抗运动和民族解放运动中发展壮大起来的。例如大家最为熟悉的世界名曲、印尼民歌《宝贝》，上世纪60年代流行于我国至今不衰。这首歌曲就是反映独立战争时期，据说是一个印尼共游击队员妻子借哄孩子入睡唱的小调，对在外抗击荷兰殖民者丈夫怀念的“印尼摇篮曲”。
