究竟有多少印尼共党员和华人被杀，史学界至今仍是争议的数字，也是个充满谜团的历史悬案。印尼官方1975年曾公布总死亡数字是“45万到50万左右”。法国《新观察家报》和英国《卫报》在1966年3月、4月先后引用西方外交官员的材料，前者说被杀害者为“30万到35万人”；后者说被杀害者“很可能在60万人以上”，“单单在巴厘，可能就杀了40万人”。1966年夏，雅加达和万隆的150名大学本科毕业生和研究生经过实地调查后，写出了一份调查报告，交给了印尼军事当局。报告说：“毋庸置疑，在东爪哇和中爪哇，有80万人被杀害。“现在还在巴厘和苏门答腊的先遣队早些时候估计，印度尼西亚全国死亡人数不下于100万人。”而国际上公认的死亡数字，仅截止到1966年4月，因该事件死亡的人数就达50万之多，其中至少有30万是华人。
各国一些史学专家认为，真实数字远不止此，死亡人数应在百万人左右。但印尼新独裁政权屠杀的华人人数，也起码与当年日寇“南京大屠杀”屠杀国人相当。遗憾的是：这一数字我们始终低调处置，随后国人尤其是年青一代并不清楚。只是几十年后牵扯到中日紧张关系，以及当年印尼大海啸灾难，我们出于人道援助引发一些国人的“记仇”，才有人毫不讲情面给抖落于众。
苏哈托军人独裁政权这种灭绝人性的暴行，就连当时扶持他上台的西方国家政客和舆论界都看不下眼，说这是“残酷无情的恐怖”；“印尼这场行动的规模相当庞大，经常发生令人怵目惊心的野蛮事件”。就连支持苏哈托上台镇压进步势力的美国中情局，也惊呼这场屠杀是“二十世纪最悲惨的集体谋杀”。极端反共的美国驻印尼大使格林也惊呼，当年的大屠杀，“并不区分谁是华人共党分子，谁是印尼公民”……
