同样，苏加诺的政策也让国内矛盾剧增与日俱增。1956年后期为消灭异己强行解散国会，并提出制定“指导下民主”和“指导下经济”政策，实际在实行个人独裁，使国家连续发生危机。1957年他遭遇过几次暗杀。1958年苏门答腊和苏拉威西等地爆发地方叛乱。从1957年末，及后来的1964年到1965年期间，印尼各地工人罢工农民占领农场风起云涌，直接威胁荷兰、美国和英国的银行、公司和农场利益的骚乱，苏加诺焦头烂额几乎无法遏制。
在这种国内外严峻形势下，为在军事防御上有所均衡备，1965年1月，印尼共主席艾地，就曾向苏加诺建议武装工农，成立在陆、海、空、警以外的第五种军事力量。苏加诺有条件同意了该建议，并把这种工农武装称为第5军。印尼共在空军的支持下，开始对一部分工农积极分子进行军事训练；到当年9月，已训练工农约2000人，这让国内利益集团和军内右翼感到恐慌。在当年5月印尼共成立45周年的庆祝大会上，苏加诺再度解释了他的“纳沙恭”思想，这让印尼右翼深表不满。“纳沙贡”合作的问题上，使得以苏加诺和印尼共一方，与以陆军高级将领为另一方的对立面公开白炽化，刺激了各怀鬼胎的动作加速。
在经济上，苏加诺政权危机也显端倪。1965年，印尼的通胀率已达到650%，财政出现赤字外汇储备开始枯竭。国民生活费指数由1958年的100飙升至1965年的18000。苏加诺推行的“印尼式社会主义”路线，虽然将大部分荷兰在印尼的企业收归国有，还通过了“8年全面建设计划”在农村实施土地改革。但总的效果并不好，引发了部分工农民众对苏加诺政权的不满。
