１９４６年，审干运动中大部份被错整的人，又都一一甄别平反了。被囚禁了三年多的王实味也面临了被甄别的时刻，但是，由于是由康生一手定案，所以中央社会部还是给王实味定了个“反革命托派奸细分子”的结论。对此，王实味坚决拒绝签字。但结论已定，王实味不签字也要被戴上这顶帽子，并被继续关押。
１９４７年３月，因国民党胡宗南部进攻延安，中共中央机关便于３月１７日从延安撤离。已被囚禁了４年多、身患肺病的王实味也由中央社会部两名干部押送，随中央机关撤离。４月１６日，到达山西省的兴县，晋绥公安总局主管审讯与看守所工作的第四科就设在那儿，王实味被移交给这个看守所。
６月１２日，国民党飞机的一次轰炸，使这个看守所被炸毁，因而看守所需要转移。对王实味这个中央级要犯该如何办，晋绥公安总局只好请示中央社会部。当时，中央社会部部长康生与副部长李克农都驻在附近的临县一个村子里。接到晋绥公安总局的报告后，康、李二人便批示：将王实味就地秘密处死。１９４７年７月１日夜，王实味被秘密砍杀后，置于一口枯井中掩埋。时年，王实味４１岁。
１９４８年春，毛泽东与中央机关东渡黄河，到了中央后委所在的这个临县三交镇，在此，他得知了王实味被处死的事，立刻大为震怒，直喊要社会部“再赔出一个王实味来！”无疑，毛泽东确认为处死王实味是个大错误，这样，也是破坏了中央对王实味的政策。何况，早两年中外记者团到延安时，就整风审干问题，毛泽东曾公开向记者团的中外记者们说过：“我们有一条，叫一个不杀方针，是教育人。王实味是托派，又是特务，我们也不杀。今天是民国３３年某月某日，某人在这里说了，如果杀了一个，岂不是自已打自已的嘴巴。王实味也变了，有进步。”
