法里西、艾卜·
达尔等人宣称穆罕默德生前曾有遗嘱指定阿里为继承人,从而逐渐形成一个拥护阿里为哈里发的派别势力,被称作阿里党人。公元656
年,奥斯曼被刺后,阿里当选为第四任哈里发。由于部分圣门弟子不承认阿里的哈里发地位,因此先后爆发了骆驼之战、隋芬之战和拿赫鲁宛之战。阿里于661
年遇刺身亡,穆阿维叶取得哈里发地位,建立了伍麦耶王朝,阿里党人就在反对伍麦耶王朝的斗争中逐渐形成和发展成为什叶派。
在680
年卡尔巴拉之战中,阿里次子侯赛因被杀,引起了一系列在什叶派思想影响下的暴动,规模最大者为685~687
年在库法爆发的穆赫塔尔起义。起义参加者除阿拉伯人外,还有非阿拉伯的新穆斯林——
麦瓦立人,什叶派随之传播到非阿拉伯民族中。起义失败后,其余部形成什叶派凯萨尼支派。该支派主张,阿里的权力是从穆罕默德继承下来的,不承认前三任哈里发的合法性,并创立了隐遁伊玛目和马赫迪(救世主)复临人间,恢复正义的学说。认为阿里的第三子伊本·哈乃菲叶是隐遁伊玛目。这些主张对后来什叶派宗教学说的发展提供了重要内容。此后,围绕着侯赛因之子栽因·阿比丁形成了什叶派伊玛目派,因其第六代伊玛目贾法尔·萨迪格奠定了该支派的教法学基础,故亦有人称其为贾法里学派。740
年,侯赛因的孙子栽德·本·阿里在库法发动起义并战死,所部后来形成什叶派的支派栽德派。