这项争议在1946年1月召开的重庆政治协商会议上得到了折中解决。撤销旧代表中部分未经民众选举的代表资格，换以政党代表，国民党，共产党等均有名额分配。
第二个争议是改组后的国民政府委员会40个委员名额。共产党要求与民盟一起占14个名额，以便行使三分之一否决权。国民党坚决不许，只愿意拿出13个名额。于是，双方在这一个名额之差上反复争吵了大半年，直到制宪国民大会召开前夕，依然无法达到任何结果。
如果说前两个争议尚可通过妥协、折中达成一致，那么第三个争议，显示了国共双方之间巨大的立场裂痕和利益落差。共产党提出，废除“五五宪草”和并恢复1946年1月13日之前的双方实际军事控制位置。第一个问题好解决，事实上，制宪国民大会通过的《中华民国宪法》，在共产党和民盟没有参加的情况下，依然是以共产党和民盟承认的“政协宪草”为主体内容。
要命的是第二个问题。这里交代一个背景。在重庆政治协商会议上，国民双方相继达成了政协宪草和整军协议等重要文件。但由于双方政治纲领完全不同，彼此缺乏信任。因此，当1946年4月，苏联军队撤出东北后，双方立刻展开了对东北的军事争夺。战火很快就蔓延到关内，在山西、察哈尔地区、江苏北部等地打得不可开交。由于国民党军队武器精良，数量上也占据优势，所以占领了不少共产党的地盘。因此，共产党提出的这个条件，就意味着要求国民党放弃其在1946年1月13日以后夺取的全部战利成果。吃到嘴里的肥肉怎么能吐出去呢？国民党显然不会同意这种条件。
