1995年4月，朝鲜发生了“第六军团肃清”事件。据传第六军团(驻扎在靠近中国的咸镜北道)要政变谋反，金正日派金永春大将前往形迹可疑的第六军团，冷酷地处决了涉案人员。据说，被处决的军人就达到数百人。但普遍分析认为：当时经济形势恶化，老百姓食不果腹，就连优先保障的军人生活都很艰难，第六军团政治委员、咸镜北道党组织秘书、贸易公司总经理等20多人只是利用手中权力从事外贸生意，贪污外汇收入，并非军事谋反。
1997年，朝鲜发生了恶名昭著的“深化组事件”。金正日在经历‘困难行军’后感觉到朝鲜人民的不满，亟需一个替自己背黑锅的替罪羊。于是金正日就利用了因涉嫌给自己的亲戚挪用30吨化肥而正在关押在社会安全省第7教化所接受调查的朝鲜劳动党中央农业秘书徐宽熙。密令“要将徐宽熙处理成为南朝鲜间谍”。时任朝鲜劳动党中央组织部行政部长的张成泽联手中央党组织部负责社会安全省的指导员李哲、社会安全省政治局局长蔡文德等推进了此事。于是徐宽熙被扣上“作为美国和南朝鲜的间谍，为了然我们的人民饿死而有计划地迫害了我们的农业”的罪名。随后徐宽熙和黄今淑一起在平壤市民面前被公开处决。
“徐宽熙事件”后，金正日在社会安全省内部组织“深化组”，利用它开展了一场大规模清洗行动。深化组在成立之后搞出了所谓的“龙城事件”。“龙城事件”以“清查朝鲜战争中打入我内部的间谍”为名，在1996年至2000年期间，抓捕了无数朝鲜干部和干部家属。仅第一阶段的审讯就有三千多人被打死，一万多名家属被关押。第二阶段的抓捕则连朝鲜劳动党中央责任书记文成述、前任平壤市责任书记徐润锡都在抓捕之列，包括4名内阁相在内的2千余人被处决。其中，文成述不堪酷刑在狱中撞墙自尽。据传该事件牵扯到25000多朝鲜干部，数千人被枪决，其余也被撤职或被关押到收容所。
