第一个被剪除的是威望最高、根基最浅的曹晚植，1946年金日成借助苏军的力量，逮捕了民族主义者代表曹晚植。1950年，随着朝鲜人民军节节败退，一直处于软禁之中的曹晚植被金日成秘密杀害。
第二个被打击的是根基较浅的北方派。劳动党成立前后，北方派代表吴琪燮、朱宁河多次受到抗联派、苏联派在党的会议上的批判，随后吴琪爕被扣上“反苏分子”的帽子，受到降职处分，其余北方派中央委员被革职，1958年4月吴琪燮被降为一地方农场副场长，其后，从政坛上消失。
随着党内斗争的深入，金日成纵横捭阖，又拉又打，逐步壮大自己的力量。1950年，朝鲜战争爆发，为金日成集中权力、打击政敌提供了难得的机会。开战三天后，作为战时最高权力机关的军事委员会成立，金日成任委员长，并成为人民军最高司令官，通过战时体制，金日成独揽了党政军大权，并开始大规模清洗其他派别。
随着朝鲜人民军在战争中逐步败北，金日成将战争失利的责任推给了政敌。首先打击的是苏联派。1951年，先以扩党不力的理由,免除苏联派许嘉谊中央书记职务，1953年4月，揭露李承烨“叛国集团”时，金日成宣称许嘉谊支持、参与国内派搞未遂政变。金日成主持召开中央委员会紧急会议，对许嘉谊进行了审讯式的批判，会后没多久，许嘉谊自杀，其他相关人员相继被清洗，苏联派受到严重打击。
在朝军全线崩溃之际，金日成开始打击延安派势力最大的人物——武亭。武亭1925年就参加了中国共产党，担任过1929年上海工人暴动总指挥，参与过众多红军战斗，是唯一全程走过长征的朝鲜人，深受彭德怀信赖，是中国人民解放军炮兵最早的创始人之一，也是参加中国革命朝鲜人的领袖。1950年，金日成斥责武亭犯有“军阀主义”，指责其应对战争初期的失利承担责任，将平壤失守的责任推给武亭，撤销其中央委员职务，将其永远开除出党。武亭后因病赴中国长春治疗，彭德怀为他安排了当地最好的医院，1953年，武亭在朝鲜一间军队医院孤寂地病逝。金日成因此事与彭德怀结下怨恨，金日成在获悉彭德怀1959年在庐山会议上被批判后，趁机落井下石，致电中国外交部，“表明他非常赞同对彭的处理，并要求亲见毛泽东，有很多事要对其说”。
