两年后南方派领袖朴宪永以“反党叛国罪”被判处死刑并被立即执行。至此南方派全军覆没。
从1956年起，金日成大力推行“政出已门”，引起其他派系反弹。当时苏共二十大的反个人崇拜之风也吹到了朝鲜，给延安派、苏联派以极好的反击机会。当年8月30日的党中央全体会议上，延安派向金日成发难，提出反对个人崇拜、加强党内民主，要求改变以重工业为主进而提高人民生活水平的政策方针。但与会者中大多数为游击队派人员，反对派不到一天从批判变为被批判，史称“八月宗派事件”，金日成随后立即对延安派、苏联派的挑战者进行报复，延安派代表人物金枓奉、崔昌益被批判、开除党籍、撤销职务，即便中国与苏联努力调解，金日成还是以莫须有的罪名把延安派全部清洗。金日成进而在朝鲜全境开展思想整肃。解密的苏联内部文件记录了金日成的清洗过程：在一个月内，有两千多人遭到整肃。至1958年留在朝鲜的延安派悉数被肃清，其余人员流亡中国，此后中朝关系急剧恶化;
苏联派中仍保留苏联国籍的党政军干部大部返回苏联，延安派的朝鲜驻苏联大使李相朝已经留在苏联政治避难，至1961年苏联派也告覆灭，苏朝关系也转为冷淡。清洗国内派、苏联派、延安派后，朝鲜劳动党领导层内组成人员基本上不再来自“五湖四海”，而是由金日成为代表的游击队派独占领导地位，金日成最终击败党内其他势力，控制了全党。
金日成派系力量最小，却能最终掌握权力，固然有其时机、威望等因素，但主要在于其政治能力。他能得到中苏等大国特别是苏联的支持，借助外部力量打击反对派，并使中苏默认既成事实。同时，他又利用内斗不已的劳动党各派系力量，纵横捭阖，拉一派打一派，分而治之，最终逐步肃清反对力量。最重要的是，他掌握了朝鲜社会的基本面,得到了占比最大阶层——农民的支持。同时，游击队出身的金日成深喑军队的重要性，牢牢控制住军队。在党内斗争中，金日成高举独立自主旗帜，排除中国、苏联的影响，得到了长期生活在外国阴影下的朝鲜国民尤其是怀有民族主义的基层劳动党员的拥护。
