金日成接下来清洗延安派重要领导朴一禹、方虎山。朴一禹、方虎山都是经验丰富的老革命，朴一禹是当时中朝联合司令部副政委(司令员兼政委是中国的彭德怀)，相当于人民军的总政委，被认为是毛泽东在朝鲜的个人代表，时任内务相。方虎山是战功最为显赫、曾打到朝鲜半岛最南端的第五军团军团长，曾任东北野战军166师的师长兼政委。当时的延安派因为朝鲜战争前期失利，普遍怀疑金日成的军事指挥能力。朴自封为从中国回国的朝鲜革命者的代表，拉帮结派，隐隐有与金日成分庭抗礼之势。朝鲜战争结束后，朴被降职直至撤职，1955年4月举行的朝鲜劳动党二届十六中全会上，朴一禹、方虎山作为“反党宗派分子”被撤销党内外职务，并被开除出党，随后生死不明。
战时，金日成还需南方派在后方配合正面军事斗争，所以对南方派重用有加，南方派干将李承烨掌握了负责处理与在韩国境内进行游击作战的有关事宜的朝鲜劳动党中央联络部，并成立了不受金日成掌控的、负责培训即将派赴韩国的政治工作队和武装游击部队干部的金刚政治学院,但随着战线逐步稳定在三八线附近，金日成眼见反攻南方无望、南方南方派实力大减，在1953年初，金日成逮捕了朴宪永、李承烨和金刚学院全体师生，在板门店签订停战协议后不到一周里，将以司法部长李承烨、驻中国大使全五稷、第一届最高人民议会议员金午星、南朝鲜解放游击第十支队长孟种镐、劳动党联络部长朴胜源、劳动党联络部长裴哲、劳动党社会部长姜文锡、内务省干部白亨福等10人以“美帝国主义雇佣间谍”罪名被判处死刑，另有2人被判处15年和12年有期徒刑，同时撤销诸多南方派领导中央委员职务并开除出党。
