李树亭指出了此起冤案的关键之点，先是认定聂树斌是犯罪人，接着是采取刑讯逼供、指供、诱供方式收集聂树斌有罪供述，最后形成了只有口供、没有直接证据的办案结果。最高人民检察院的书面意见是，原审判决采信的证据中，直接证据只有聂树斌的有罪供述，现场勘查笔录、尸体检验报告、物证及证人证言等证据均为间接证据，仅能证明被害人康某1死亡的事实，单纯依靠间接证据不能证实康某1死亡与聂树斌有关，而聂树斌有罪供述的真实性、合法性存疑，不能排除他人作案可能。最高检认为，应当依法宣告聂树斌无罪。主要理由是：（1）被害人死亡原因不具有确定性，原审判决所采信的尸体检验报告证明力不足。（2）作案工具来源不清，原审判决认定花上衣系作案工具存在重大疑问。（3）聂树斌始终未供述出被害人携带钥匙的情节。（4）原审判决所采信的指认笔录和辨认笔录存在重大瑕疵，不具有证明力。
（5）证实聂树斌实施强奸的证据严重不足。（6）聂树斌供述的真实性、合法性存在疑问。应当依法改判聂树斌无罪。
回顾聂树斌这起冤案，在其中起决定作用的就是“疑罪”，之后又“从有”了，从而一错再错。“疑罪从有”是有罪推定的具体体现。现在，来了一个“疑罪从无”，一些司法界大佬大势宣传这是对有罪推定的否定，实质上恰恰相反。“疑罪从无”与“疑罪从有”都是从有罪推定的体现，其实核心在于“疑”。“疑罪从有”是，只要我怀疑你是罪犯，我就认定你是罪犯，就判决你是罪犯。这就是说，说你是罪犯就是罪犯，不是罪犯也是罪犯。“疑罪从无”则是，只要我怀疑你是罪犯，我就想尽办法证明你是罪犯，如果我不能证明你是罪犯，那就不判决你是罪犯，但不等于你不是罪犯。这就是说，说你是罪犯就是罪犯，只是我不能证明你是罪犯。这完全是唯心主义，哪有半点实事求是的意识？因而，这是极其荒谬的，也是极其恶毒的。
