如今念大三的43名学生，是南科大第一届招入的学生，他们班级被称为“教改实验班”。2011年春季入学的他们，没参加高考，而是由南科大自主招生入学，2014年春季毕业时，他们拿到的将不会是教育部的毕业证书，而是南科大自授的学位。当年，南科大因为“第一个绕开中国高考录取的学校”成为《科学》杂志“2011年十大重大新闻”之一。
然而，南科大招收的第二届学生，却没能摆脱高考的命运。2012年秋天，获得正式办学资质和招生资格的南科大，选择采用高考成绩60%，自主招生笔试30%，平时成绩10%的计算方式，从近6000名报名者中择优录取了188人。
多年来为南科大“鼓与呼”的教育学者熊丙奇评价，“南科大正像一只温水中的青蛙”。对此，朱清时回应：“改革的路径不是一条向上的直线，而常常是曲折的，前路有高有低，但最终必将攀登上顶峰。”那段时间，朱清时时常引用一篇《人民日报》的社论《宁要微词，不要危机》为自己辩护：“宁要‘不完美’的改革，不要不改革的危机。”
朱清时的南科大校长任期为五年。从2009年9月10日正式担任校长以来，身边人也看到他的变化：“比两年多前清瘦了很多，爱笑了许多，也更加豁达了。”
记者发现，在朱清时的办公室里有两幅邓小平弟弟邓垦送给他的书法作品，一幅诸葛亮的“宁静致远”被放在进门显眼处，另一幅“忍”字则被他藏在屏风后面。“把‘忍’放在外面，进来的人都看到，不太好。”朱清时解释说。
