如今，卸任传闻传出，有记者第一时间致电身在安徽老家的朱清时。他简单回应一句：“教育改革一定会成功，但是不一定在南科大。”有关职务变动的传闻，他避而不谈。
教育研究专家熊丙奇在博客中评论说：朱清时担任南科大创校校长的五年，其最大的贡献是，为这所学校树立起“改革”的形象，并由此获得巨大的声誉。但总体而言，南科大改革的“说”，远大于“做”。
教育改革从来知易行难。南科大的遭遇，朱清时的壮志未酬，反映出教育改革面临的压力之大。高等教育改革不能单靠南科大一家新生院校来推动，正如高等教育改革也不可能脱离中国现行教育管理体系而单兵突进。
在去年的采访中，朱清时告诉我，南科大筹办刚起步时，做什么事情都一筹莫展，有人曾给他算出一个“困卦”。三年后，他发现困卦非但没化解，反而更困了。“我们面临如何兑现早先对社会的承诺，对学生的承诺。现在发现困难比当初预期的还要大。”
外界传言，朱清时卸任南科大校长后可能会考虑前往故宫博物院工作。或许到那个时候，朱清时才可以真正走出“困卦”，睡个踏实的安稳觉。
2013年，《外滩画报》记者在南科大对朱清时进行了专访，当时他担任南科大校长已有三年零六个月。他说自己成了“三有”校长：“有勇气做那些可以做的事，有肚量去忍耐那些做不到的事，有智慧去区别这两种事。”
在今年秋季搬入新校区之前，南方科技大学可能是中国最小的大学。南科大位于深圳南山区西丽大学城，一共只有四栋大楼，分别是教学楼、办公楼、食堂和宿舍。学生总计231人，大一学生188名，大三学生43名。今年南科大预计录取学生400人。3月24日，全国14个省5300多名学生报名参加学校的自主招生笔试。3月7日上午，校长朱清时院士一反往常地低调，在位于教学楼四楼的办公室向本报记者敞开大门。在经过一个小时采访后，他带着记者和摄影师参观了这座“迷你校园”。这时正是午饭时间，学生三三两两去食堂吃饭，迎面看到朱清时，都要和他打招呼，叫他“朱校长”，他则点头微笑。“这231个学生，我认识100多个，大三学生全认识。”
