金温公司下辖温州站、温州西站、青田站、丽水站、缙云站、永康站、武义站、金华南站等8个中心站和货运分公司，员工2300多人。林新光说，“我们摈弃了传统国企管理的弊端，吸取了经验，人员较为精简，成本要比国铁少；精简后，机构设置也与国铁不一样，就运输部与工电部两个部。运输部主管运输、机务、车辆，工电部主管线路的维养，措施可以直接从公司下达到所属的两个部，没有任何中间环节”。 有学者指出，金温铁路在路网的使用权和通路权上面临困境，而且由于规模经济障碍而导致其管理权和话语权的丧失，已经成为阻碍潜在投资者进入该市场的最大疑虑。这两大障碍都是合资铁路向铁路部门传统运行体制发起的严峻挑战。
不过，一位资深的铁路人士认为，“中国铁路本来就有半军事化的职能，总调度权掌握在铁道部。只有全国联网，地方铁路才能运转起来，才能产生经济效益；如果地方铁路擅自行事，那一切就会乱套；一旦铁道部加以掣肘，在路网调度上略施手脚，那么，地方铁路就只有瘫痪的命运；就像一个人的某只手脚一样，一旦停止供血就会失去机能，甚至枯死。再说，铁路还是社会公用产品，有它公益性的一面，不太可能完全听命于商业化的调遣。”业内人士也有同感，“铁路的回报率太低，就在于它的公益性太强”，铁道部原总工程师沈之介说。 “平时，我们跟上海铁路局接触较多，因为它作为铁道部的产权代表，是我们公司的行业主管；毕竟国铁运作了几十年，技术、行车……我们按照他们的要求执行；车辆、调度由铁道部统一管理，我们地方铁路也没有能力来调配”，林新光说。
