5亿，甚至一度要涨到30亿，南怀瑾一时拿不出那么多钱来，工程在一段时间里几乎陷于停顿，国务院建议铁道部出面接管。随着铁道部的势力逐渐介入，金温铁路的股权结构开始发生极其显著的变化。到了1995年，就变成了浙江省45%，南怀瑾25%，铁道部30%。 金温铁路最初有过上市的想法，1993年上报国务院，但最终未得要领，铩羽而归。“主要是条件还不够成熟，盘子虽然比较大，而资本结构简单，资本金也较小，也就5733万美元，到了1995年就有了7个亿人民币；1998年，铁道部、浙江省与南怀瑾三方股东再为股权纷起争执之时，资本金为9.887亿元，股东纷争之后南怀瑾选择了退出”，一位熟悉金温铁路内情的人士向记者透露道。 时至今日，金温铁路的官方表述是，竣工前夕，金温公司董事会尊重南怀瑾先生“功成身退，还路于民”的愿望，同意将香港联盈兴业有限公司掌握的股权转让给浙江省和铁道部。
至此，一条号称以民间资本投资的金温铁路此时已为浙江省和铁道部掌控，转眼就成了浙江省（占股份55%）和铁道部（占股份45%）两方合资的铁路。 追寻南怀瑾退出的直接原因总是语焉不详。据金温铁道公司的有关人士说，主要的症结可能就在于双方对运营模式的争执。“当时内地仍然还是计划经济时代，肯定考虑到了计划本身的调控”，林新光说。恰恰因为铁路投资本来的投入就大，回收的时间又长，如果投资之后的收益微薄，那么，南怀瑾及早全身而退，也可以说是既无奈又明智。在其主事的6年多时间里没拿过一分钱利息。仅这一点，至今仍让温州的乡亲们难以忘怀。 1998年4月，金温铁路全线通车；6月11日正式投入运营。
