科学没有国界，进行科研创新的权利原本不应当被特定的体制所垄断。然而，当科研经费只是在体制内进行分配时，那些致力于科研创新却被排斥在体制之外，又在资源的使用上被列入另册的人们，无疑遭遇了双重不公待遇。表面上看，体制内的人员进行科研创新似乎更专业；然而这很容易忽视另外一个问题，他们获得的收入或者薪酬就是要求他们在科研创新活动中必须有所作为，而不能以是否另外获得资源投入为必要条件，至少在获得新的资源投入时应当比体制外的人标准更高，而不能将分配标准作为一种体制藩篱。否则那就容易使更多人的创新精神“骈死于槽枥之间”。当创新中国的理念将更多人的创新意识激活之后，创新资源的分配还在封闭的体制内自娱，创新步伐难免会被减缓。报载，河北的一位农民30多年来倾尽家财醉心科研，取得多项科研成果和国家专利，其中氕氕核聚变实验被肯定。
如果说其创新成果还在被质疑的话，那足以让现行的
研究经费分配体制蒙羞。
即使在体制内，现行的研究经费分配与创新步伐的促进也很难说是正相关，施一公教授曾撰文抵制的“学术潜规则”的泛滥就是如此。首先，研究经费分配局限在体制内，容易使这种分配演变成资源狩猎游戏。研究经费的蛋糕确定之后，反正就是在这个盘子里来切，至于切给谁，一方面要照顾不同圈子之间的平衡，另一方面就是“会哭的孩子多吃奶”。于是彼此都不敢忽视创新之外的功夫。其次，既然研究经费的获得取决于创新之外的功夫，那么创新本身就徒有形式，于是捉刀、造假交易就活跃了起来。专门针对科研经费申报（套取）的培训班堂而皇之的办起来，有机构可以提供从选题到论文发表或者成果鉴定的一条龙服务。再次，作为前两种情况的补充，颁奖圈钱闹剧纷纷上演。既然科研经费申报（套取）需要一定的身份、业绩、头衔、称号，那么所有这一切都可以在商家那里批发，足以让科研经费申报（套取）者在跑关系的过程中过关斩将。
