1986年，13岁的朱令从北京光明小学毕业，进入姐姐曾就读的北京市汇文中学。这是中国最早的一所教会中学，始建于1871年，重视“全人教育”的传统，培养学生的多才多艺，梁思成、邓力群、年维泗、高洪波等都是校友。
1989年，朱令初三那年，在北京大学读书的姐姐吴今坠崖身亡。
1989年4月的一个周末，吴今和同学去野三坡春游。
据朱家亲友回忆：“回学校时分成了两拨儿，一拨人先走，吴今本来是准备后走的，但她突然想起有事情没做完，要先赶回去，就独自追赶先走的那些人，在追赶的过程中不幸坠崖。事后发现该悬崖非常隐蔽不易发现，现在在该景区她坠崖处，还有警示标志。当时吴今出事后，她的同游的同学均以为她随另外一拨人走，到学校后又以为她回家了，直到上课发现她不在，才知道出事了，那时已经距离出事有三天了。事后公安机关排除了他杀的可能，也没有自杀的理由，事情被定性为意外。”
（来源：《我知道的事情：中国de贵族—-朱玲玲为什么叫朱令？》发表于新浪网2006年1月31日）
姐姐的意外身亡，对正读初三的朱令的打击很大。
据后来帮助朱令确诊铊中毒的同学贝志诚所言，他和朱令在初三时那一年同班，一度是前后桌座位。自从姐姐去世后，本来性格活泼的朱令变得有些内向。
1990至1992年间，朱令依然在汇文中学读高中。据《东方时空》一档节目“朱令的12年”所述，贝志诚和朱令在初中、高中都是校友。
