2001年7月，瓦希德面临人协弹劾时，曾下令冻结国会，出现了总统和立法机构对峙的局面。军方以忠于宪法为由拒绝执行紧急状态令。其后，最高法院也做出判决，宣布瓦希德的命令违反宪法。执政21个月的总统瓦希德被罢免，梅加瓦蒂接任总统，这又一次使印尼依照民主的程序度过了一场危机。
从哈比比—瓦希德—梅加瓦蒂，这三次政权更迭虽然伴随着街头抗争，但总的说来权力转移基本上没有脱离法律程序和民主某些规则的轨道。在后两次权力转移中，曾经出现过政治危机，但都在民主和法律的框架内成功地度过了。
三、民主宪政的形成：两届大选与总统直选
2002年8月印尼人协通过宪法第四次修正案，规定每5年举行一次大选和总统直接选举。印度尼西亚在2004年4月5日举行国会（人民代表大会）议员普选，同年7月5日举行首次总统、副总统人民直选，人民协商会议不再行使选举正、副总统的权力。印尼下届国会议员普选则于2009年4月举行，同年7月举行总统、副总统大选。
2004年新年伊始，印尼各个政党就开始准备选举。当时全国合法选民1.5亿，约有1.3亿的选民参加投票，可见广大印度尼西亚民众对这次选举参与热情高,对未来的政府和国会寄予厚望。
根据印度尼西亚选举委员会的统计，2004年国会和地方代表理事会的选举发生违纪事件5941起。总统直选第一轮投票举发生违纪事件143起，而第二轮投票发生违纪事件仅101起。这说明印尼的选举一次比一次有序、成功。通过选举，印尼组成了新的国家机器,各种政治势力开始了重新洗牌，形成了新的政治格局。
