1998年由于亚洲金融危机引起印尼国内经济和政治形势恶化，大量银行破产，企业倒闭，失业人数增加，社会矛盾加剧，抗议示威浪潮席卷全国。
1998年5月13日到16日印尼各地穆斯林发动了一系列骚乱，亦称“黑色五月暴动”。印尼华人不幸成为这场血腥骚乱的主要目标，而军方无视暴民们对华人的抢劫。超过1000人死于这场暴乱。印尼各地总共发生5000多起暴徒强奸或轮奸华裔妇女的惨案，其中雅加达每天发生100多起。
苏哈托总统试图采取措施平息骚乱，但执政党专业集团党的一个主要派系公开站出来反对苏哈托，长期以来一直忠于苏哈托的国会议长哈尔莫科也站到了苏哈托的对立面。紧接着的学生大游行，更是让苏哈托的统治陷入空前危机。
这种情况下，独裁者苏哈托终于撑不住了，5月21日上午10许，在雅加达独立宫，铁腕人物苏哈托通过电视宣布辞卸印度尼西亚共和国总统职务，根据1945年宪法有关规定，集教授、医生、工程师于一身的现任副总统哈比比将继任总统职务，持续32年的专制制度土崩瓦解。
二、 民主的过渡：哈比比改革
独裁暂时告一段落了，要民主，欲速则不达，哈比比就是这个过渡时期的一枚重要棋子。
危难时刻出任总统的哈比比非常清楚，独裁已经不行了，印尼人民需要的是民主。在担任总统短短的十七个月内，他推行了一系列的改革措施：取消所有限制言论自由的法律和条例，积极推动新闻自由。并实行政党自由，加强人民代表大会和人民协商会议的权力。这些措施为印尼和平过渡到民主起了个好头，为民主选举创造了条件。在1999年6月举行的国会选举中，执政30多年的专业集团党败给了梅加瓦蒂领导的坚决主张改革的民主斗争党击败执政30多年的专业集团党成为印尼第一大党。这次选举是印度尼西亚三十余年来最公平的一次选举，受到国际社会的高度赞许，也成为印尼民主过渡的一个标志性事件。戏剧化的是，在总统选举中，登上总统宝座的却是国会中位居第三大党的瓦希德，梅加瓦蒂只得到了副总统的位置。
