5、莲花生巫师的宗教冒称密教。密教即大乘佛教衰亡后产生的印度教支派金刚乘，也称“性力派”（金刚乘的另一个音译名即为“奥姆”真理），实际上是以晚期大乘佛教中观派的基本教义为主，掺杂了许多担特罗思想，我国称之为“欢喜佛”。莲花生粗糙地整合了苯教、印度教金刚乘和乌长地方的神秘巫术，将之献于赞普。其教义非常混乱，包括了大量的原始巫术、性力崇拜和大乘佛教术语。进入藏区之后，还与本地的原始生殖崇拜相结合。
他本人为此享尽荣华富贵、姬妾无数，成为吐蕃帝国新祭司阶层的首脑，他的宗教后世成为红教。
6、大乘佛教晚期著名学者寂护、阿底峡等人与莲花生的区别，在于前者仍然秉持着佛教的基本精神，讲究出家修行和出世的僧团制度，而莲花生放弃了这些教义，直接主张各种“在家捷径”并主张一夫多妻的贵族僧侣制度，两者最终在吐蕃对苏批的军事胜利中得到分晓，所谓密教被奉为国教。近代以来，汉地一些居士、学者和僧人将此种宗教命名为“藏传佛教”。
实行此种制度的国家直到20世纪还有尼泊尔、不丹，最终被联合国妇女组织和人权组织宣布为非人道和压迫妇女而遭到取缔。
7、莲花生的宗教在后世被宗喀巴大力改革，原因就是僧人的行为太过放荡，宗喀巴的宗教成为黄教。但仍然是含混不清的理论大杂烩，并且没有放弃备受诟病的性交修行法，高级僧侣仍然是骄奢淫逸的放荡贵族，下级僧人则颇有清规。
8、密教兴起之后，就长期受到游牧部族的威胁，西藏也同样如此。尤其在穆斯林军国主义的压力下，印度和西藏僧侣越来越否定现世，追求及时行乐和当下成佛，形形色色的捷径法门层出不穷，而且越来越荒诞无耻。最终在突厥族穆斯林的打击下彻底灭亡并遭到屠杀。为此，密教最后的经典《时轮经》甚至假想了一个佛教徒与穆斯林末日大决战的残酷史诗图景。其中佛教的一方，更像是雅利安部族。
