而后，又注意到马加爵买了台二手电脑。她分析认为:马加爵可能浏览过黄色网站，引发了性冲动却又无处发泄，可能做了某些荒唐之事。问题是，作为好友的同学知道了他的这些隐私，在打牌吵架时将其抖搂出来，令马加爵羞愧难当。他感到如果此事被更多同学知道，自己将无脸见人，于是绝望，继而杀人灭口。 2004年6月，李玫瑾发表的《不是因为贫穷》的犯罪心理分析报告，引起诸多争议。有人甚至在网上尖刻地骂她。对此，她有自己的看法:“我知道，很多反对意见来自贫困大学生。他们不是因研究犯罪心理学问题而不同意我的观点，而是在结合他们自己的感受发泄某种情绪，这种情绪需要正面引导。”李玫瑾笑着说，研究问题并说出真相，不一定能为所有的人接受。但是可以肯定，对于马加爵案的剖析，可以让更多与他有着同样认识误区的年轻大学生不再重蹈覆辙。
李玫瑾告诫年轻人:“珍惜生命，不要等到做错事后或在没有回头路时才恍然大悟。” 让李玫瑾饱受争议的，还有邱兴华案。 2006年7月，陕西省安康市汉阴县发生11人遇害的特大杀人案，后来犯罪嫌疑人邱兴华在家门口被抓获。法院一审判处邱兴华死刑后，要不要对邱兴华进行精神病鉴定成为舆论关注的焦点。 主张鉴定的有邱兴华的家属、律师、部分精神病医生和法学专家。他们的主要依据是:邱兴华的亲人有精神病史;异常残忍地先后杀害11人;被捕后，邱兴华关心自己能否出名更甚于关心自己的刑期，等等。 让李玫瑾没想到的是，那段时间她竟成了众矢之的。有人说，法院之所以不对邱兴华做精神病鉴定，是因为李玫瑾这样的专家说过“邱兴华知道自己在做什么”。一位70多岁的精神病医生甚至指责她要为邱兴华的死刑负责。还有媒体居然在没有采访她的情况下就爆料说“她曾对邱兴华做过380道题的心理测试”，令她哭笑不得。
