在如何开展这样一场大规模的镇压反革命运动，保证运动健康发展问题上，中央和毛泽东都没有提出过操作性很强的有效措施，仍然采用革命战争时期打仗的办法、群众运动的办法来代替运用法律的办法。中共中央在1949年初，就宣布废除“六法全书”，而此后又没有制定新的法律加以替代，政务院稍后虽然出台了《惩治反革命条例》，但那都是些实体性的不易掌握的原则规定，没有任何程序性的规定，所以大规模镇压反革命运动实际上处于无法可依的状态，完全靠中央文件和最高领导人、主要是毛泽东的指示办事。而毛泽东在具体领导镇反运动上，仍然沿袭革命战争年代指挥战争的办法，在捕、杀人问题上，下指标、定任务、定时间，主观臆断，急于求成，不断地发出指示，要求某地、某时必须逮捕多少人、必须杀多少人。
虽然“双十指示”要求在镇压反革命运动中要“重证据而不轻信口供”，“判处死刑时，党内必须经过省委、大市委、区党委及受委托的地委批准”。但是在毛泽东指定的时间、任务、指标面前，这些规定都不可能执行，而捕人、杀人批准权限也被最高领导毛泽东给下放了。
下面让我们来具体看看中央、主要是毛泽东是如何下命令指导镇反的：
1951年1月17日，毛泽东在接到中南局转来的驻扎在湘西27军的镇反报告，该报告说，在湘西21个县，仅仅驻军部队就已经处决了匪首、恶霸、特务4600余人，并准备由地方政府再杀一批。毛泽东批示道：“这个处置是很必要的”，并强调“特别是那些土匪猖獗，恶霸甚多，特务集中的地方，要大杀几批”，要求“各地务必抓紧照此办理”。1月22日，毛泽东电告华南分局、广东省委负责人说：“你们已杀了3700多，这很好，再杀3、4千人”，“今年可以杀8、9千人为目标”。1月29日，公安部对中南军政委员会报告说湖北省已经逮捕19823人，其中在省级机关内部逮捕了160人。公安部在报告上批注：“如此内外不分地实施逮捕，容易引起广大干部恐慌和思想波动”。毛泽东看了以后，批评公安部：
