相比于真正的罪犯，由于没有劳教法律条款，劳教人员在劳动安全、健康上更无保障。长年的重度劳动使劳教人员普遍患上了脊椎骨质增生和椎间盘突出等疾病，却无从医治。早年马三家劳教院发生过烧结厂工人意外身亡的事故。彭代铭透露，当时如果在劳动中产生工伤，并不存在赔付，只是提前解除劳教作为交换。现在要解决类似问题，劳教人员作为劳动者的地位仍需明确。相形之下，《监狱法》则明文规定了罪犯劳动受劳动法保护，发生工伤参照国家劳动保险法规处理。劳教产生的庞大效益，也引发了腐败效应。劳教生产车间的效益无需上缴财政或司法厅，劳教院自身即可支配，却没有财务公开制度。“几千亩地和厂房的租金、车间加工收入，干警没得到福利。” 肖溪说。2004年，沈阳市城郊检察院办理了马三家劳教院曾洪光贪污案，判刑12年。更受劳教院干警关注的，则是检察院对时任劳教院长张某的立案调查，这起案件以后不了了之，张某调任司法厅某企业任职。
网络上马三家劳教院干警的举报材料称，劳教院家属院“河畔人家”小区工程收取干警每平方米1000元的成本费用，决算成本费用为800元/平方米，差价达2300多万元，却未退还给干警。张某即因此事下台，却免予刑责。“包夹”、“小号”、电棍马三家女子劳教所分为三个大队，实行分级而非分类管理，对外虽然有强戒大队的名称，实际是和普通教养人员混合居住管理。上访人员在分级中属于“严管”，甫一入院即被安排“包夹”。“包夹”是劳教系统的一个专用名词，意谓对于“严管”的重点人员，安排可靠的人员对其监视控制。“用两个表现好的负责看护，睡觉、吃饭、干活在一起。”彭代铭说。但实际上，包夹的人数有可能远远超过两名。梅秋玉有段时间由于身上藏有物证，被重点照顾，“在车间是七个人看我，回去吃饭是四个人，走道里是四个人”“包夹相当于承包式的，专门管你了，一举一动，上厕所，说的话都要向上汇报。
