使用抗生素期间和之后：腹泻是人们服用抗生素时常见的副作用，因为药物会杀死肠道中的好细菌和坏细菌。2017 年 12 月发表在《抗生素》杂志上的一项荟萃分析发现，同时服用益生菌和抗生素的人患抗生素相关性腹泻的可能性大约是其一半。
抗生素的使用还会导致大肠感染艰难梭菌（C. diff.），这也会导致腹泻。2017 年 12 月在Cochrane 系统评价数据库中发表的一项荟萃分析得出结论，服用益生菌和抗生素可以降低由艰难梭菌引起的腹泻风险。，并且服用益生菌和抗生素对大多数人来说是安全的，除非人们免疫系统非常弱。
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