年3
月新一轮国务院机构改革后，出任国家药监局第一任局长。
郑筱萸曾被评为“全国劳动模范”、入选首届全国医药行业优秀企业家。据熟知其人者称，郑平时亦爱好书法、音乐。在药监系统内部，郑筱萸的口碑可谓褒贬参半。因其长于“铁腕式”行政作风，任期内曾致力于推行GMP
（Good Manufacturing Practice
，药品生产质量管理规范）认证制度，后来却被同行笑称为“形象工程”。尤其是2006
年以来，“齐二药”、“奥美定”、“欣弗”等重大医疗事件接踵发生，药品审批、注册及医疗器械等环节的诸多问题随之显山露水。
2005
年6
月22
日
，年满60
岁的郑筱萸被免去国家药监局局长、党组书记职务。此后，郑担任中国科协旗下的中国药学会的理事长。
仅半个月后，7
月8
日，国家药监局原医疗器械司司长郝和平因涉嫌受贿被刑拘；2006
年1
月12
日，国家药监局原药品注册司司长曹文庄被立案调查，一同“落马”的还有药品注册司化学药品处处长卢爱英、国家药典委员会常务副秘书长王国荣。
58
岁的郝和平和44
岁的曹文庄都先后担任过郑筱萸的秘书。1998
年3
月国家药监局组建之初，郝和平任医疗器械司司长，曹文庄任人事劳动司司长兼局办公室主任，两人被视为郑筱萸的“左膀右臂”。郝和平一案由北京市西城区检察院直接负责侦察，未经纪检部门的“双规”程序。
