紫光阁到了清代同治、光绪时，曾一度做为皇帝接见外国使节的场所，但国势日微，已不足道了。到了民国时期，紫光阁建筑残破不堪，在1938年6月还曾被雷击毁一角。
1900年八国联军侵入北京，侵略军进入西苑，即现在中南海。紫光阁内功臣像及珍贵文物或遭破坏，或被抢劫，损失殆尽。现在紫光阁功臣像留存在国内的，只有天津历史博物馆收藏的两幅。近年，紫光阁功臣像在海外屡有发现，如加拿大皇家安大略省博物馆、德国柏林国立民俗博物馆、美国纽约大都会艺术博物馆均有收藏。这些已发现的功臣像与原有的相比，不过是极少数，以后或还有可能再被发现，但大多数可能已毁于战火了。
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