2、 1958年：批“共振论”
本世纪初发现苯的克库勒模型以来，数十年一直未能对苯的化学结构给予合理的解释。诺贝尔化学奖获得者泡利提出“共振论”概念，合理的阐述了苯的化学结构，此为量子力学在化学结构学的开始。何祚庥等认为“不是无产阶级就是资产阶级”，指责克库勒模型的学说是“阶级调和论在科学界的反映”，成百的结构化学专家因此受株连而检查“资产阶级立场”，中国量子力学研究因此受到严重冲击而长时间中断。
3、 1965年：批“控制论”
著名犹太裔学者维纳（曾在清华任教，是何祚庥的校友）在有关控制论的著作中讲述了一个故事来表明他的观点：二战时期，高射炮对敌机的命中率非常之低，因此盟军方面组织了一批科学家对此进行攻关。研究发现，老鹰在捕捉兔子是很少失手，这是因为，老鹰脑子中有一套反馈闭环系统，能根据兔子的方位、速度不断调整自己的飞行路线，直至成功。将类似的系统装在高射炮上，使命中率大为提高。由此维纳认为生物界和非生物界存在一定的共性。何祚庥认为阶级之间尚不能调和，何况生物与非生物乎？何祚庥等人用简单的“阶级调和论”等武器就把多位科学家斩于马下。
