实际上，孙中还山是很欣赏陈炯明的。曾说：“陈炯明不好女色，不要舒服，吃苦俭朴，我也不如。”据国民党元老莫纪彭回忆，孙中山与陈炯明一次闲谈，曾以“狼、大、快”三字喻陈的革命作风，“盖粤语常以‘狼’字喻勇猛进取也”。自然，主要还是陈炯明的治军治政的能力让孙中山不能忘。决裂之后，孙中山未尝没有想到陈炯明。北伐遇阻，乃思良将，陈军此时也还有实力。于是，经汪精卫、吴稚晖等为陈缓颊，劝孙与陈再度合作，孙同意了。但坚持一条，要陈炯明写悔过书。这是以高居人上的领袖地位对待部属不可更改的立场。陈炯明以为这一要求是强制，没有民主色彩，因而断然拒绝。
一九二五年孙中山北上北京，并在北京和医院病逝。随即，陈炯明军队与蒋介石率领的北伐军开战，至一九二五年十月八日起，蒋军猛攻惠州城，于十月十四日攻陷，陈军最后据点瓦解，陈炯明从此倒掉了。陈本人于同年十二月二十七日息影香港，著书立说，生活拮据凄凉，然仍关心政事，谋在海外发展中国致公党党务，并曾数次北上京津，和段祺瑞私下联络，与章太炎等商国是。一九三三年九月二十二日逝世，得年五十九岁。晚年穷固，三餐亦有所不济，身后更是萧条之至。
陈炯明之死，吴稚晖有挽联云：“一身外竟能无长物，青史流传，足见英雄有价。十年前所索悔过书，黄泉送达，定邀师弟如初。”
