此外，在党内民主方面，陈炯明与孙中山也有不一样的地方。孙中山规定中华革命党党员须向领袖宣誓效忠，绝对服从，还要打手模指印，陈以为有损人格，拒绝执行（反对宣誓和打手模指印的党员甚多，非只陈）。孙中山一九二一年五月五日当选非常大总统，也曾表示：“惟有使各省人民完成自治，自定省宪，自选省长，中央分权于各省，各省分权于各县，庶几既分之民国，复以自治主义相结合，以归于统一，不必穷兵黩武，徒苦人民。”此项谈话，其精神和陈炯明“联省自治”的主张并不相悖，亦可见孙中山当时并不主张武力北伐，很快，形势变化，孙的主张变了，孙提出武力北伐案，一九二一年十月八日经非常国会通过，陈则认为战事甫息，宜休养生息，当以“模范起信”“联省自治”为先，建设两广，联络西南，再图中原。这样，孙和陈的矛盾也激化了。对各路军阀，孙对奉直皖各系的政策主张，亦为陈炯明所不许。
联省自治的根基在西南各省，尤其云南唐继尧。孙之对外政策，联俄（借俄以自重），陈极反对。早在一九一五年，陈炯明时居新加坡，与在海外的黄兴、柏文蔚、钮永建、李烈钧共同发表宣言，表明绝不倚赖外力干预中国内政，谓“至言假借外力，尤为荒诞。兴等固不肖，然亦安至国家大义蒙无所知。窃览世界诸邦，莫不以民族立国。一族以内之事，纵为万恶，亦惟族人自董理之。倚赖他族，国必不保，殷鉴未远，即在平南。”这种主张亦为陈后来所执行。一九二○年四月二十九日，苏俄代表路博到漳州访陈炯明，表示愿意资助陈完成统一，但要中国放弃外蒙，为陈所拒。孙中山联络外国许以利益之议，陈素所不赞成，二人离合之因，此亦未必无关。
