1968年，她与同时高中毕业的少数出身较好的同学，被分进赣州市的一些工厂当徒工。真正接触到社会后，她很快发现有很多问题和现象，与自己“造反”时想像的不一样。生产衰退，人民困苦，文化艺术凋零，青年一代痛苦、彷徨与颓废等，像潮水般向她涌来，正是在这个时候，林彪在江西的死党程世清，又刮起了一场“三查”风，查所谓的“叛徒、特务、现行反革命运动”。全省各地成千上万的干部、工人、农民和知识分子，一夜之间就被打成了“反革命”，无数人惨然死去或妻离子散。这一切，更啮着李九莲的心，从而使她与当年举国上下许多关切党和国家命运的人们一样，不时扪心自问：为什么要搞“文化大革命”？
李九莲案始末：
1969年 2月 28日，她给恋爱对象——在福州部队当兵的曾昭银写了一封信。这直接给她带来了灾难。在信中她表达了她的政治态度和信仰，并在最后告诫对方：“此信万勿给予他人”，下款“你明白的人”。然而这个应该“明白”的人却陡生“主动”之念，飞黄腾达的私欲把爱情压得粉碎。他说此信“很反动”，“把矛头直指林副主席”。他立即把这封信交给了上级。
原信如下：
曾昭银：
你好！来信收阅。我觉得此信供你作取与舍的参考较为合适。我以前未知你的态度，所以不便直言。今天我把我的思想情况向你说清楚。
一、对国家前途的看法：
经过半年多的复杂生活，碰到一系列事物，想到了很多问题。首先是对国家前途发生怀疑。我不明白“无产阶级文化大革命”到底是什么性质的斗争，是宗派斗争还是阶级斗争？我感到中央的斗争是宗派分裂。因此对“无产阶级文/化/大/革/命”发生反感。对批判刘少奇好象有很多观点是合乎客观实际的，是合乎马列主义的，又觉得对刘少奇是“欲加之罪，何患无辞？”感到对刘少奇的批判是牵强附会。“文/化/大/革/命”已收尾了。很多现象，很多“正确的观点”，和运动初期的资产阶级反动路线差不多，本质一样，提法不同而已。因此对今后的天下到底属于谁，林彪到底会不会象赫秃一样，现时的中国到底属于哪个主义等项问题发生怀疑。对“现行反革命”发生浓厚兴趣，对“反动组织”的纲领也注意研究。
