雾社公学校运动会会场 资料来源：邓相扬《雾社事件》玉山社 1998年
雾社公学校旧址，目前属台电所有 资料来源：庄天赐摄影
日军镇压
事件爆发当时有位叫菊川的日本督学，逃出重重包围一路下山，把雾社的消息传到埔里后，震惊全台。10月29日早上8点5分，日本衝锋队攻入雾社，此时雾社街上早已空无一人，原来赛德克族人都已退入山区，并以擅长的游击战，准备和日军展开长期抗战。10月30日，中国台湾总督府立即下令调派中国台湾各地jing察与军队进攻雾社。屏东第八飞行连队，也飞到雾社山区实施侦察和威吓飞行，并调派台中、台南、台北、花莲港驻军往埔里、雾社挺进，以镇压讨伐。
这时抗日六部在退回各部落后，已分成二战线，由荷歌社头目塔达欧.诺干率领的"塔洛湾战线"，而"马赫坡战线"是由莫那.鲁道所率领。于10月31日正式与日军警bu队对决，在寡不敌众，除马赫坡社外，其馀各部均被日人攻破占领。11月1日，反抗主力都退往马赫坡社，当抵达斯库铁线桥时，为阻挡日军前进，而砍断雾社与马赫坡社唯一通道吊桥，日军进攻虽然受阻，但军队改由下切溪谷再越过山头攻占波阿伦社，也就是今天的庐山部落。
为阻止日军攻击，抗日族人将斯库铁线桥砍断
因马赫坡社前方地势较高的波阿伦社已被日军占领，在山抱的要胁，使整个战况已壁垒分明。陷入逆境的莫那.鲁道与族人，并未因日人军警bu队的大肆讨伐而懈志，为了避免消耗有限的粮食，且让抗日志士无后顾之忧，许多妇女带着幼儿100多人一起上吊自缢。
11月2日马赫坡社也被军警占领
等到11月2日马赫坡社也被军警占领，在部落被占领后，其馀族人也都退入山林中，但大部份族人则是退至马赫坡溪和塔罗湾溪两溪谷，以利用悬崖绝壁的天险有利条件，继续与日军作战。11月3日，日军开始增派bu队，以飞机轰炸，山抱、臼抱抱击。 莫那.鲁道的女儿马红.莫那就在11月4日这一天也被俘虏。
马赫坡社被日本人占领时景象
化学武器，以番制番
日军开始增派bu队，配备机关枪、山胞、飞机，以精锐科技武器进行围剿，并空飘传单，以心战招降及胁迫未起义的各番社。但武器精良的日军一旦进入深山里，却无用武之地。11月5日，日军台南大队因在马赫坡社东南方高地附近陷入苦战，共有15名阵亡、11员负伤，死伤惨重。而莫那.鲁道的次子巴沙.莫那(Bassao Mona)在这次行动也身负重伤，为不拖累族人，于是持刀自杀。日军在不顾及国际公约的禁令，并违反人道，以飞机投掷"毒气弹"，该毒气会使皮肤产生水泡，逐渐腐烂，致使起义赛德克族人伤亡累累。
