除了督导中华民国国军营级以上军队的编制外，该团还设有本部、台湾各地分团、美国陆军、美国海军、美国空军三组、美国联勤各组，期间因应中华民国国军人事变化，组织层级稍有变化。（《美军在台工作纪实》，1981，台湾国防部史料编译局）
在团长部分，1951年-1955年驻任的团长蔡斯任期最久，长达4年，尔后的13人约都为2年任期。该团于1950年代曾于一江山战役，大陈撤退与金门炮战战役中，对台湾提供协助咨询，另外，也曾参与台湾的国庆阅兵与各项军事演习。
1970年代，美军顾问团随着美国政府的政策转向，大幅改变。除了在台的顾问团军队人数锐减之外，也对中华民国国军不再提供支配与协助训练，更不参加台湾各级演习作战，纯粹转型成咨询机构。另外，团长也从少将层级降低至准将，甚至上校。
1978年12月，美国卡特政府宣布与中华民国中止外交关系。美军顾问团随即停止在台任务，并于隔年3月1日全数撤离。
主要任务
美军顾问团的任务为：
* 提供中华民国政府军事咨询及美援武器并就其装备检讨建议。
* 协助中华民国国军训练
* 执行“中（台）美防御条约”内容执行。
* 美国与中华民国军方的联络事宜。
* 监视中华民国政府，避免当时中华民国总统蒋介石的军事冒进。
* 越战时期的后防并以美国利益实施军事部署之任务。
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