1993年，35岁的刘耘有了新身份：长沙县县委书记。
到任之后，他才发现自己面对一个尴尬的局面。前任县委书记不愿离开原来的岗位，虽然被调到省里的乡镇企业局当副局长，却仍然暂时兼任县委第一书记。省委给刘耘的说法是，你不熟悉情况，过渡一两个月，他就走。但随后发生的一系列事情让刘耘“感到震惊”：“怎么人为了达到目的，可以没有任何底线呢。”
一老板赌博被抓，按规定应拘留。有人出面干预，称拘留这位老板会影响企业发展。公安局颇感为难，向刘耘请示。刘耘答复，法律面前人人平等，不过可让这位老板在拘留期间处理业务。公安局照办。很快有人告状，说刘耘破坏当地经济环境和企业家形象。
在不到一年的县委书记任期内，类似这样被告状的事情，刘耘经历了不止一次。
第二年，刘耘离开长沙县，任长沙市郊区区委书记。被告状的经历并没有从此画上句号。区政府有两辆进口轿车，一辆是区委书记坐的，一辆是区长坐的。有群众不断向纪委反映，最后告到了中纪委。中纪委层层转下来，到了长沙市纪委。市纪委要求刘耘做出处理，刘耘便把车封存了。
时任中纪委书记尉健行到长沙考察时，长沙市委还将这件事情作为亮点作了汇报。
可这“亮点”成了刘耘仕途的“污点”。不久后，上级以不团结的名义，将刘耘的工作调整了，新的职务是长沙市外经委主任、书记。虽然级别没变，但实际权力小了；更重要的是，按照现行干部选拔的惯例，外经委主任这样的领导基本上意味着与更高一级的党政领导无缘。
