实际上，现在铁道部正在着手的课题有两大内容，一是考虑将铁道部并入未来的大交通部，实行大部制改革，二是如何解决铁道部目前高达2万多亿元的债务。该课题现在虽然放在中国工程院，但参加该课题组的成员却不乏铁道部的现任和前任领导。其中包括中国工程院院士、中铁隧道集团副总工程师王梦恕。
王梦恕认为，在目前这种体制下，铁道部已经完全没有能力去解决2万多亿元的债务危机和新建、在建、续建铁路工程的筹资问题。所有国际案例都证明铁路债务困局主要是由政企合一的体制所造成的，因此也只能靠体制改革解决。他建议，可以将铁道部的运营职能剥离出来，成立一家铁路运营总公司，而它的建设和筹资的职能则可以成立一家类似于日本国铁的铁路建设公团。
而之前的2011年中，在原铁道部长刘志军出事后，新任部长盛光祖便提出了“自救”方案，即把铁路的运输主业和多种经营重新归并到一起，实行全口径核算，一体化管理，这实际上是改革的倒退，因为当初把多经从主业分离出来，就是为了避免多经依靠主业大肆倒票、倒车皮影响运输主业，希望能让多经慢慢脱离主业，闯出自己的一片天。
盛光祖的所谓“自救”，其误区皆在于死守住一个底线——铁路的调度权必须统一，不能分割。理由是一分割之后就要乱，就要互相扯皮，就要出事故。反观日本的铁路管理，在日本国铁改革后，原来大一统的铁路系统实行客运的区域分割，一子落地，满盘皆活。由于实行了区域切割，调度权不统一了，但其运营状况远远好于中国的铁道部。
