亲王夫妇回国。
1992年被授予五星上将军衔。1993年5月全国大选中当选为磅湛省选区议员，7月出任柬临时民族政府联合主席，9月出任柬埔寨王国政府第二首相兼高棉王家军联合总司令。1998年11月出任柬埔寨王国第二届政府首相。2003年7月，洪森所属的柬人民党在第三届国民议会选举中获得最多议席，但没有超过三分之二，不能单独组阁。在政治僵局持续了近一年之际，人民党与第二大党奉辛比克党正式签署合作协议，决定组成联合政府。
洪森心直口快、语言通俗、作风粗犷。不过，他也承认自己有时脾气暴躁，而且要改也难。他说，让他像谢辛
那样温文尔雅很难；就像让谢辛像他那样粗声大气讲话一样难以做到。由于与拉那烈
长期不和，1997年7月5日，洪森发动政变，摧毁了拉那烈的奉辛比克党
总部。拉那烈被解除第一首相职务并流亡国外。在1998年7月26日的柬埔寨第二次全国大选后，在西哈努克
的调解下，11月13 日，人民党与奉辛比克党达成全面合作协议；25日，拉那烈
当选国民议会议长，洪森任命为首相并负责组阁。
2003年7月柬埔寨举行第三届大选，洪森继续连任至今。他要求当地几家中文媒体把他的中文译名改为“云升”，后因有不少人表示未能适应而引起不便，于翌年5月改回使用“洪森” 。
