犹大也指出他预见自己将遭到其他门徒猛烈攻击：“我在这个异象当中看见其他十一个门徒向我丢石头，遭到他们严厉的迫害。”
犹大福音书中有一段似乎是犹大改变形象。“犹大举目，看到光明云彩便走进去。”地面上的人听到云朵发出声音，却因为这段古抄本有所不全，因此永远也无法知道云朵说了什么。
这本福音书的发现，再一次证明，早期基督教会的信仰存在很大的分歧，神学思想多元，对于耶稣是人还是神完全是两种不同的意见，而且是两个不同的阵营。可是，基督教在公元四世纪成为罗马帝国国教之后，为了统一罗马帝国的意识形态，罗马皇帝亲自过问基督教会的圣经编撰厘定工作，“神启的圣经”其实是皇帝钦定的圣经，后来成为正典的四福音中也有涂改加工留下的一些痕迹。神化耶稣应该更符合罗马帝国的政治需要，于是在罗马的授意下，基督教会开始了它的反异端活动。所谓的基督教“旁经”，就是在意识形态高压下终于潜入地下被人逐渐遗忘的宗教典籍的屈辱名称。
犹大出卖耶稣，是耶稣本身的授意，然而，这个授意也只有在罗马皇帝的首肯下，才会最终成为基督教的历史。
