宋庆龄代替宋霭龄担任孙中山英文秘书的时候，正是孙中山情绪最低落、革命陷于低潮的时期。在危难之时，宋庆龄担负了为孙中山处理来往函件、整理各类文件、经管革命经费等繁重的日常工作，而且完成得非常出色。后来，孙中山干脆将所有的机要通讯密码都交由宋庆龄保管，并让她负责一切对外联络工作。由此，宋庆龄也逐步成为孙中山革命事业中不可或缺的助手和亲密战友。
在东京工作了一段时间后，孙、宋两人曾谈起过结合问题，但1915年6月宋庆龄回到上海征求家人意见时，立刻遭到了宋家人的强烈反对，原因是双方年龄悬殊太大（孙比宋大27岁）、孙中山家里已有妻儿子女等，宋嘉树一时也无法接受曾经是自己亲密战友的孙中山娶自己的亲生女儿。为此，宋家在震惊愤怒之余，将宋庆龄软禁在家中，不准她外出。
而在这时，孙中山将原配夫人卢慕贞从澳门接到东京，并与之办理了分离手续，随后便开始准备与宋庆龄的婚事。10月中旬，孙中山请同乡朱卓文和他的女儿慕菲亚前去上海迎接宋庆龄。
在得知孙中山已经和原配办理了离婚手续后，宋庆龄深受感动，她不顾家人的反对和朋友的劝阻，在冒着与家庭决裂的风险下从窗户里爬了出来，随后离家出走，并偕同朱卓文父女潜返日本，重新回到了孙中山的身边。
一度被误解的孙宋婚事
1915年10月25日，孙中山与宋庆龄在东京办理了结婚手续并举行了简单的仪式，当时由于大部分革命党人也反对这门婚事，因此只有廖仲恺夫妇（何香凝）、陈其美及其几个日本友人到场祝贺。对于革命同志的非议，孙中山表示：“我是革命者，我不能受社会恶习惯所支配”；“我不是神，我是人”。
