5. 两肾之间为命门。明代医学家赵献可在《医贯》里写道：“此处两肾所寄，左边一肾属阴水，右边一肾属阳水，各开一寸五分，中间是命门所居之官，其右旁即相火也，其左旁即天一之真水也。”赵献可把命门与肾进行了区分，从而开创了命门学派。
6. 肾间动气为命门。“肾间动气”一说最早见于《难经》，《难经·第八难》写道：“所谓生气之原者，谓十二经之根本也，谓肾间动气也，此五脏六腑之本，十二经脉之根，呼吸之门，三焦之原，一名守邪之神。”明代医学家孙一奎在《医旨绪余》里认为：“命门乃两肾中间之动气，非水非火，乃造化之枢纽，阴阳之根蒂，即先天之太极，五行以此而生，脏腑以继而生。”孙一奎明确指出命门不是水火，不属脏腑，而是无形之气。
7. 练功特定部位叫命门。宋代道士爰清子在《至命篇·下卷》写道：“两肾之间，混元神室也。”爰清子在书中说，练功可以调息引气而下，降至混元神室，使心肾相交，以保长生。后世也称混元神室为命门。
二. 从现代整体观的角度来看
从现代整体观的角度来看，命门是躯体混元气聚集的地方。现代整体观认为，人的混元气分为三部分，其中一部分叫做躯体混元气，它的聚集处在腹腔内靠后的地方，具体位置在肚脐与命门穴连线的前2/3、后1/3之处，这个地方相当于两肾之间的部位，它不是一个点，而是一个区域，叫做命门窍。命门窍作为躯体混元气的聚集区域，与人的生命活动息息相关，其中原因有三：
