命门有多种含义，既可以从传统医家、道家的角度来看，也可以从现代整体观的角度来看。下面简单介绍一下相关的内容。
一. 从传统医家、道家的角度来看
1. 眼睛为命门。这种说法来自中医经典《黄帝内经》，是关于命门的最早论述。《黄帝内经·灵枢·根结篇》写道：“太阳根于至阴，结于命门。命门者，目也。”这种说法与后人的理解相距较远。
2. 右肾为命门。这种说法始自《难经》，《难经》又名《黄帝八十一难经》，是中医典籍之一。书中在第三十六难里写道：“肾两者，非皆肾也。其左者为肾，右者为命门。命门者，诸神精之所舍，原气之所系也；男子以藏精，女子以系胞。故知肾有一也。”这个说法首次把命门视为生命之门，同时把它看成是一个有形的器官。
3. 两肾总号命门。明代医学家张景岳在《类经附翼•求正录》认为：“是命门总乎两肾，而两肾皆属于命门。故命门者，为水火之府，为阴阳之宅，为精气之海，为死生之窦”。 张景岳虽然把命门从一个肾变为两个肾，但没有脱离命门为有形器官的说法。
4. 督脉上的穴位叫命门。魏晋时期的医学家皇甫谧在《针灸甲乙经·卷三》写道：“命门：一名属累，在十四椎节下间，督脉气所发。”即命门穴在身后正中的督脉上，位于第2和第3腰椎之间。皇甫谧为什么说“在十四椎节下间”呢？因为人体有24块椎骨，其中颈椎7块、胸椎12块、腰椎5块。临床上计算椎骨数目和针灸取穴的标志是第7颈椎（隆椎），往下数14节，就是第2腰椎。
