在与周边国家的关系上，日本不断制造领土争端，惹恼了中、韩、俄。韩国总统卢武铉甚至用上了号召国民“不惜进行外交战”的词语。俄罗斯则拒绝、停止了包括石油管道在内的几项日方大型投资。参拜靖国神社、通过美化篡改历史的新教科书等，也引发了中韩民众的抗议。2001年10月8日，小泉突访北京，在参观卢沟桥抗日纪念馆时说“今天我有机会参观这个纪念馆，再一次痛感到战争之悲惨。我对遭受侵略而牺牲的中国人民表示由衷的歉意和哀悼，怀着这种心情观看了这里的许多展览。我们都应认识到，日中关系的发展不仅仅有益于日中两国的友好和平，同时也有益于亚洲和平和世界和平。”他也是战后唯一一个参观卢沟桥抗日战争纪念馆的日本现职首相。
在日朝关系上，小泉政府在“绑架问题”上讨价还价，打出经济合作牌，提出日朝建交等建议。但《朝日新闻》称，尽管小泉两度访问平壤，但绑架人质、核问题等导致日朝关系走进死胡同，恢复邦交的谈判更是遥遥无期。
在与东盟的关系上，小泉认为“东盟可以成为日本对华外交的盟友和对中国的平衡者”，于是改变了过去消极对待双边和地区自由贸易协定的方针，开始积极强化与东盟的传统关系。小泉也格外重视太平洋地区其他发达国家——加拿大和澳大利亚，视之为与日美一脉相承的发达国家，以日加澳三边关系作为平衡美国单边主义的重要手段。在小泉眼里，印度、巴基斯坦、斯里兰卡、孟加拉国等南亚国家也“都是亲日国家”，尤其重视国力和地缘政治立场都被视为能与中国抗衡的印度。
