直到一九八六年，时隔二十年之后，哈尔滨在中国官方登记的东正教神父，大司祭格里高利（朱世朴），才开始在当地圣母絣幪教堂恢复祈祷仪式。一九九四年，他应邀参加大牧首主持的祈祷仪式，并有权佩戴带有花饰的十字架。格里高利神父已于二零零零年长眠主怀。
俄罗斯斯莫棱斯克和加里宁格勒都主教基里尔（目前为莫斯科和全俄大牧首）于一九九三年应中国基督教协会的邀请访华，这普遍被认为是俄罗斯东正教教会领导人在历经中苏（俄）关系风云变幻多年之后，首次正式访华。此后，都主教基里尔在二零零一年、二零零二年和二零零六年又多次访问北京和香港等地。
俄罗斯东正教教会主教公会于一九九七年四月十七日公开表明，鉴于中华自治东正教教会没有首脑，根据现状，依照牧首制教规，其母教会——俄罗斯东正教教会即为中华自治东正教教会之首领。俄罗斯东正教教会外联局被授权调整中国东正教生活，解决其实际问题。主教公会的这一决定，已于当月书面通知莫斯科和全俄大牧首阿列克谢二世以及时任中国国家主席的江泽民。无独有偶，俄罗斯东正教教会主教公会曾经于一九零二年四月二十二日做出决定，为包括北京东正教神父米特罗梵在内的二百二十一名义和团暴乱受难者封圣，以及确立每年西历六月二十四日为他们的纪念日。俄罗斯东正教教会主教公会于二零零零年十二月二十七日决定，授权赤塔与后贝加尔主教，临时管辖中华自治东正教教会内蒙古地区的东正教事务；授予阿斯坦纳和阿拉木图大主教临时管辖中华自治东正教教会新疆维吾尔自治区教区的东正教事务；
