一般来说，海内外学术界将雅克萨之战的阿尔巴金城堡哥萨克战俘（其中包括神父米哈伊尔•列昂基耶夫），奉旨押抵北京的时刻，即一六八五年，作为东正教传入中国的时间，此说虽有争议，不过其他说法目前看来也缺乏足够的说服力。
俄罗斯传教团自一七一三年开始在京传教，并履行俄罗斯外交使命。教历一九零零年六月十一日，北京发生义和团运动，二百二十二名中国东正教徒被杀害，成为中国第一批殉道者，其中包括第一位北京本地神甫米特罗梵（俗名齐春，在日本由圣人尼古拉祝圣为神甫）。一九零二年俄罗斯主教公会为二百二十二名中国殉道者封圣，他们的圣骨安放于北京北馆（俄罗斯中国传教团属地）的致命堂（众教殉道者教堂）。据考察，很多圣骨经年不朽。
一九零二年，俄罗斯中国传教团团长修士大司祭英诺肯提（费古罗夫斯基）被祝圣为主教，负责中国大陆、蒙古和西藏地区的传教事务。一九零三年，根据俄罗斯主教公会之命，满洲里传教团成立，并在中国的东北地区建立教堂。俄国发生十月政变之后，俄罗斯传教团归属于海外主教公会管辖。一九二二年，成立北京教区，代理北京、上海、天津（后来包括汉口）地区的东正教事务，成立哈尔滨教区，代理海拉尔、齐齐哈尔地区事务。一九三四年，又将新疆、香港地区的事务，以及香港、广州、澳门和马尼拉等地的东正教教堂划归北京教区管理。
