由于第二次世界大战爆发，俄罗斯中国传教团中断了和海外主教公会的联系。于是，一九四五年尚处于工作状态的哈尔滨主教会议做出决定，请求莫斯科和全俄至圣牧首阿列克谢一世恢复莫斯科牧首区。一九四五年十二月二十七日，莫斯科牧首区恢复仪式举行。一九四六年，中国和朝鲜境内成立都主教区，被命名为哈尔滨-东亚都主教区，包括北京、上海、哈尔滨、天津、新疆教区。可是就在这一年，上海的约安(马克西莫维奇)神父与俄罗斯海外东正教教会建立了联系，结果在中国境内又建立了一个与莫斯科牧首区平行的教会机构。很快，莫斯科与全俄大牧首任命北京和中国大主教维克多（斯维亚金）为俄罗斯中国传教团团长。约安大主教在一九四九年中共建政之后随俄罗斯侨民离开了中国。
一九五零年七月三十日，从天津来的西蒙（杜润臣）被祝圣为上海主教，成为有史以来第一位中国主教，同时还有一批中国东正教徒被晋升神职。一九五四年，俄罗斯东正教教会主教公会取消了传教团，将中国境内所有隶属都主教区的教堂遗留在中国境内。两年之后，即一九五六年十一月二十三日，俄罗斯东正教教会主教公会又做出决定，将所有教堂移交莫斯科和全俄大牧首认可的中华自治东正教教会。中华人民共和国国务院宗教局，于一九五六年同意了对中华自治东正教教会领导人的任命——即北京主教的任命。一九五七年五月三十日，北京和中国主教瓦西里（舒安）的按手礼在莫斯科举行，这意味着，瓦西里神父可以名正言顺地承担中华自治东正教教会最高领导人的职务了。但是，由于种种原因，这并不意味着他可以自主举行祈祷仪式和安排教会生活。一九六二年，中国主教瓦西里安息，一九六五年，上海主教西蒙辞世之后，中华自治东正教教会失去了领导人，接踵而来的“文化大革命”使得中华自治东正教教会惨遭迫害，宗教生活被迫停滞。
