相较之下，西南联大时期的北大校歌或许有着更高的知名度。抗战期间兵戈扰攘，北大与清华大学、南开大学联合内迁，几经辗转，最终从国立长沙临时大学迁到昆明，成立西南联合大学。1938年10月6日，西南联大决定成立编制校歌校训委员会，聘请冯友兰、朱自清、罗常培、罗庸、闻一多为委员，冯友兰为主席，其中最广为传唱的校歌《满江红》，词作者究竟是原北大国文系教授罗庸还是冯友兰，已成历史公案。
万里长征，辞却了五朝宫阙。
暂驻衡山湘水，又成离别。
绝徼移栽桢干质，九州遍洒黎元血。
尽茄吹，弦诵在山城，情弥切。
千秋耻，终当雪。
中兴业，须人杰。
便一成三户，壮怀难折。
多难殷忧新国运，动心忍性希前哲。
待驱除仇寇，复神京，还燕碣。
手抄版西南联大校歌
由“终当雪”到“既已雪”，杨振宁先生致敬西南联大校歌
《满江红》是北大在三十年代抗战时期的校歌记忆，由颠沛流离的时代造就，虽失之时代性太强，仍是北大校歌史重要的组成部分，真切地反映了当时西南联大的主体精神。“对于那个时代背景下的西南联大来说，已经是很成功的校歌。”
而对于新世纪的北大学生而言，最深入人心的“校歌”非《燕园情》莫属。此曲由周保平作词，孟卫东作曲 ，以纪念北京大学迁入燕园。歌词先对五四先哲的诉求和西南联大的颠沛作了回顾，然后抒写今日学子的读书报国之志。这首被配器者马清认为“主旋律大气、易学，十分适合传唱”的歌曲，已成为学子心中一种普遍的北大记忆。
