主”的矛盾，在深层次上根本就是中国政府与梵蒂冈争夺宗教控制权的斗争。
教宗约翰保罗二世对梵蒂冈单方面封圣马上进行了道歉：他恳求中国对传教士在殖民地时代所犯的错误给予宽恕和谅解。他说：“这些错误和过去的局限，可能使中国人民感到不受尊重，也使不少中国人觉得教廷对中国有敌意，对于这些过失，我深感伤感，也表示遗憾。”他又说：“当前的极度不安，促使国际社会呼吁人人创造并扩大人民之间的谅解、友谊和团结的关系。”他强调：“从这个前提下，中华人民共和国和教廷的关系正常化，必将对人类的进步发挥积极作用。”他补充说：“历史提醒我们对这些不幸事实，即教士在中国布道，因他们个人和行动上的局限，有时也会犯错，因而带来苦果。”
在教宗约翰保罗二世在世期间，中梵关系明显改善，开始经过中梵双方协商祝圣主教。但是作为两国关系却没有任何进步，中国方面显然不急于与梵蒂冈恢复外交关系，真正顾虑的不是梵蒂冈与台湾的关系，而是顾虑梵蒂冈一旦恢复它对于中国天主教的宗教影响力之后将会发生的不可预计的政治后果。教宗约翰保罗二世公开说过：“我每天早晨为中国祈祷。”他曾向香港主教陈日君表示，他很希望到中国访问。陈日君形容这位教宗希望到大陆的心情，就像小孩向母亲要东西一样嚷着：“我要去中国，我要去中国。”可是，约翰保罗二世至死也没有踏上中国领土，这对于中梵两国而言未必不是一个很大的遗憾。
