1981年研究生毕业，孔丹分配到中国社科院经济研究所当助理研究员。没多久，孔丹被任命为张劲夫同志的秘书。张劲夫当时受命组建国家经济委员会。在张劲夫身边做秘书，从1982年6月至1984年9月。
通过孔丹的人脉，了解一些青年学者的思想和理论成果，对张劲夫来说，是孔丹可以发挥的一种特有作用。
当时，农村政策研究室有几个有名的人物，翁永曦、王岐山、黄江南和朱嘉明，号称“四君子”。孔丹与他们时有聚会。
1984年夏天，孔丹和赵zy的秘书、四中同学李湘鲁，跟张劲夫一起到了杭州。孔丹向劲夫同志汇报，有一批年轻人在莫干山开会，探讨的问题包括有关物价改革，想去了解一下他们的想法。张劲夫同意孔丹和李湘鲁上山。
到莫干山那天，孔丹记得在山上彻夜未眠。他们找了几间屋子，开神仙会。在场的有王岐山、陈一咨、张钢、黄江南等人。孔丹当时感觉，陈一咨是个比较狂热的人，有时不是很理性。而王岐山和纯粹理论学术派的风格不大一样，他一贯表现出很强的为政府咨询、为决策服务的能力。
1984年，孔丹在劲夫秘书任上，按陈云同志的要求，在他办公室成立了一个学习小组，成员有朱佳木、许永跃、陈元、任晓斌和孔丹。学习的内容是马克思主义的经典著作，书目是陈云亲自开的。陈云让他们做笔记，一周搞一次讨论。
1984年，在孔丹决定去光大的时候，王军要他去中信，段君毅要他去做海淀区副区长，吴敬琏推荐他去上海做经委副主任。
