北京四中
孔丹在北京四中就读6年，1966年毕业。在初中时和陈小鲁一个班，高中和薄熙永一个班。孔丹是高三（5）班的团支部书记，李三友是高三（1）班，秦晓是高三（4）班的。
秦晓的初中不在北京四中，是从其他学校以金质奖章保送至四中的。而孔丹是四中初中以银质奖章直升高中的。孔丹的弟弟孔栋，也是后来从其他学校的初中考到北京四中的。
孔丹的语文特别是作文，成绩最突出。从初中开始，几乎每一篇作文都是范文。后来薄煕来开会时一见到孔丹，总是开一个玩笑，说：“哎呦，孔丹在我们学校，那篇篇是范文啊！我还记得有篇范文的最后一句话……”
孔丹说，北京四中崇尚勤奋，推崇自主自学；另一个校风是崇尚俭仆，不是一个干部子弟飞扬跋扈的地方。
1965年四清运动中，发生“四六八”学潮（北京四中、六中、八中）。当时四中领头的同学，大多比孔丹高一年级，比如邱会作的儿子邱晨光、刘澜波的儿子刘安东、宋任穷的儿子宋克荒、李井泉的儿子李新桅、宋之光的儿子宋扬之等人。这些人多数现在都成为孔丹的好友。
孔丹同班有个同学叫周孝正，现在是中国人民大学的教授。大概是高一的下半学期，周孝正以思辨的方式提出了一些问题，有二十一条，遭到了批判。
四清运动后，北京市在中学里恢复发展党员。1965年，孔丹成为首批入党的中学生党员。1965年7月1日，孔丹和师大附中的佘靖在西城区党校大会上宣誓，成为中共预备党员。佘靖后来做了卫生部副部长。
