西纠总部设在育鹏小学的时候，有两个纠察连。一个连全部队员是四中的，另一个是师大女附中的。孔丹的弟弟孔栋是四中老高二的，比其小一岁。他是四中连的连长，徐文连是徐海东的儿子，那时是指导员。邓榕当时参加了师大女附中连。
1966年12月23日至1967年4月22日，孔丹在监狱里呆了整整4个月。
出来后，四中里流传着一个说法：“孔丹雄心在，秦晓意未宁，三友挥笔动肝火，翻案舆论生。”
1967年夏天，孔丹和马凯、秦晓、李三友等人办起了《解放全人类》铅印小报。
这中间有个小插曲。王军大孔丹6岁，是老大哥，那时已经是海军军官了，在湖北造船厂做驻厂军代表。王军找到孔丹说：“你们办报，没钱我可以支持你们。但是有个前提，就是你们得反林彪。”“文革”中反对中央文革、反对林彪，他们思想上都是相通的。孔丹就收了王军200块钱。但孔丹对王军说：“这件事儿，我们也不能按你说的那样做，要讲策略。”
孔丹从小就和王军非常熟，他们经常在一起下围棋，有几次孔丹彻夜陪王军下棋，从头天晚上7点多到次日凌晨5点多，然后王军开个摩托车把孔丹送回家，孔丹再骑自行车到中南海上班。
做秘书与读研究生
1975年夏天，王震曾要孔丹去给他做秘书。王震当时是国务院办事组副组长，相当于副总理。那时，原来的秘书伍绍祖要离开，王震要孔丹去接他的班。这样，孔丹在王震那里呆了差不多有3个月的时间，每天跟上班一样。但后来国务院办公厅不批准，说因为对孔丹的父亲（孔原）的审查还没有正式结论。因为这个原因，孔丹没去成，由张爱萍的儿子张品去接任伍绍祖，当了王震的秘书。
